La obra más difundida de Pedro Alfonso es un popularísimo libro de apólogos en latín titulado Disciplina clericalis que fue divulgado y traducido por toda Europa en tal manera que unos sesenta autores de la novelística universal de todos los tiempos y todas las lenguas cultas le deben algo, entre ellos Giovanni Boccaccio, don Juan Manuel, Dante Alighieri, Juan Ruiz, Alfonso Martínez de Toledo, Miguel de Cervantes y Lope de Vega. Este libro supuso la primera fuente de introducción en la Europa cristiana de la narrativa oriental por medio de sus 33 apólogos tomados de fuentes árabes y en última instancia persas e hindúes, así como de gran número de sentencias morales persas, hindúes y de otras procedencias orientales, pues estos son los géneros de que está formado el libro, que compuso «parte de proverbios de los filósofos y sus enseñanzas, parte de proverbios y consejos árabes y de fábulas y versos, y parte sirviéndome de las comparaciones con aves y animales». El material de las fuentes que usa son agrupadas del siguiente modo:
- Prólogo acerca «del temor de Dios» en que se agradece al Todopoderoso la inspiración de componer un libro traduciéndolo al latín
- 1. Vicios y virtudes del hombre como individuo.
- 2. Relaciones humanas: el hombre en sociedad con sus semejantes, mujeres y vecinos.
- 3. Relaciones del hombre con la autoridad terrenal (rey) y divina (Dios) y brevitas vitae.
Termina el texto retomando la idea del prólogo y un epílogo consiste en una invocación a Dios. Muchos de estos apólogos pasaron a El conde Lucanor de Juan Manuel. Junto al Sendebar, al Calila e Dimna y al Libro de los enxiemplos por ABC de Clemente Sánchez de Vercial, donde aparece completo, constituye uno de los principales repertorios de la cuentística medieval y fue editada por primera vez en 1824, en Francia; se reimprimió en 1948 y en Londres en 1977.
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